1996 m. rugsėjo 1 d. Šiaulių miesto savivaldybės tarybos sprendimu įsteigta Šiaulių katalikų pagrindinė mokykla.
Mokykla yra miesto pietinėje dalyje, Gytarių mikrorajone. Šiaulių mieste tai jau antroji mokykla, turinti katalikiškąją ugdymo pakraipą. Mokyklos įkūrimo tikslas – užtikrinti moksleivių katalikiškojo ugdymo, kurį pradėjo Tėvo Benedikto Andruškos pradinė mokykla, tęstinumą. Nuo 1997 iki 2005 metų mokyklai vadovavo direktorė Elena Rančienė. 1999 metais mokyklai suteiktas „Sandoros“ vardas. Nuo 2005-05-02 mokyklai vadovauja direktorius Kęstutis Šaltis.
2010 m. Šiaulių vyskupo Eugenijaus Bartulio dekretais mokyklai paskirtas kapelionas kun. Tadas Rudys ir įsteigta koplyčia, Dieviškoms liturginėms paslaptims švęsti ir asmeniniam pamaldumui ugdyti, koplyčiai suteiktas Šv. Kryžiaus Tersės Benediktos (Editos Štein), mergelės ir kankinės, Europos globėjos titulas.
Nuo 2011 m. rugsėjo 1 d. Šiaulių „Sandoros“ progimnazija. Tą pačią dieną pradėtas nuotolinis mokymas internetu 1-8 klasėse naudojant Moodle mokomąją terpę (platformą).